Mandala Airlines berkonsentrasi pada rute utama Jakarta dengan kota-kota lain di Indonesia seperti Medan, Padang, Jambi, Pekanbaru, Batam, Semarang, Jogjakarta, Malang, Surabaya, Denpasar, Makassar, Manado, Banjarmasin, Balikpapan, Tarakan dan Ambon.